日本密教之發展
1.東密、台密的初期發展
依歷史記載，佛教傳入日本約是在西元五三０到五五０間年，由朝鮮半島的百濟國傳入。爾後近兩百年間在日本當時的政治中心奈良快速興盛，這初期正是篤信佛教的聖德太子攝政之時，此時期的日本時代稱為「飛鳥時代」（西元五三八～七０一）。當時傳入奈良的佛教宗派主要有具舍、成實、律、三論、法相、華嚴六宗，歷史稱之為「南都六宗」。之後經歷了「奈良時代」（七一０～七八四），到「平安時代」時恒武天皇遷都到京都（當時稱為平安京），開始與南都六宗疏離，並派遣遣唐僧希望引入當時唐朝最新的佛教思想，而當時長安正興起一種新的佛教修行形式--「秘密佛教」；簡稱「密教」。西元八０五天台宗最澄大師返回日本創立天台宗。西元八０六年弘法大師空海和尚從長安青龍寺惠果和尚處學習完整密教，同年返回日本並攜回大量密教經典。再隔年（八０九）於京都高雄山寺開胎藏、金剛兩界灌頂傳法，日本始有系統的密教傳布。西元八一六年朝廷敕賜高野山，正是開創了真言宗。西元八二三年在敕賜東寺為密教道場。從此，密教真言宗以此二處為基石，繁衍興盛於日本各時期至今。這以東寺為基礎的密教真言宗，又被稱為「東密」。
相對於「東密」，日本另一密教系統的發展是天台宗最澄大師所開衍的密教，史稱為「台密」。
「台密」與「東密」最大不同處是，「台密」希望將密教融攝入天台宗的「圓教」思想中。而「東密」則是獨樹法身佛所演說的密教真言宗。
爾後，東、台密仍有僧人入唐，前後共八位，陸陸續續帶回當時唐朝後來翻譯的密教相關經典。
弘法大師直傳弟子有十位，史稱十大弟子，其中包括実慧（じちえ）、真濟（しんせい）、真雅（しんが）、道雄（どうゆう）、円明（えんみょう）、真如（しんじょ）、杲隣（ごうりん）、泰範（たいはん）、智泉（ちせん）和忠延（ちゅうえん）。（註：法號上分成兩群，「真」字者是從空海大師得度出家。而其他法名者，則是在投入大師門下前已經出家。）其中，能大興真言教法的主要是実慧和真雅這兩個門流。真雅弟子真然是空海大師任命的高野山金剛峰寺首位座主，後被稱為高野山金剛峰寺初祖。而実慧則是東寺首位管長（長者）。
2.平安時代開始至中世發展
真雅另一弟子源仁（げんにん），原本學習法相宗，後投入真雅門下，後又於実慧弟子宗睿得実慧法流，集真雅與実慧二流大成。但之後弟子益信（せくしん）（本覺大師）從門下接受実慧法流，再傳寬朝，寬朝於廣澤建遍照寺，爾後開出了「廣澤流」一派。
而源仁另一弟子聖寶（しょうほう）（理源大師），從其門下得真雅法流，傳觀賢、再傳仁海（にんがい），仁海於小野建曼荼羅寺，而開出「小野流」一派。
「廣澤」與「小野」後又各開出六派，稱野澤十二流。其修行上的差別，小野注重從師處所得口傳，而廣澤則有較重視經典儀軌的傾向。
新義真言宗的發展
覺鍐（かくばん）（興教大師）（1095~1143）；平安時期後期真言宗傑出的僧人，是廣澤流最興盛時期仁和寺寬助的弟子。受鳥羽上皇的信重與支持，於高野山建「大傳法院」，四十歲時任高野山金剛峰寺座主，改革高野山，但受部分原高野山僧人激烈反對。後覺鍐辭去座主，閉關於自坊「密嚴院」，再受攻擊，故覺鍐與其徒眾遷襲高野山外（下），另建「根來寺」。此時覺鍐並未自立他派，而是後來十三世紀之根來寺門人賴瑜（らいゆ）（1226~1304）獨立於高野山之外，自立「新義真言宗」一派。此時是鎌倉時代。而相對於新義真言宗，而以高野山金剛峰寺與東寺為中心的學派則稱為「古義真言宗」。（註：新古義之差別參考「真言宗基本資料」。）
高野淨土的思想
從平安末期至鎌倉時代，淨土思想開始於日本興盛，而高野山是許多念佛往生者之聚集處。故真言宗密教思想與淨土結合，興起秘密念佛。高野山淨土與弘法大師信仰結合的「高野聖（こうやひじり）」活動於全國各地開展。
3.戰國時期受難的真言宗
從室町後期至安土桃山時代的戰國時期真言宗飽受苦難。豐臣秀吉燒「根來寺」，織田信長圍高野山等，使真言宗飽受傷害。秀吉襲擊「根來寺」時（1585），學頭玄宥與專譽分別遷襲至京都的「智積院」和奈良的「長谷寺」，此後新義真言宗派生出「智山派」和「豐山派」。兩派興盛傳衍至今。而當時古義部分，有高僧木食応其（もくじきおうご），得廣澤、小野二流。當秀吉解除根來寺僧兵後，有意攻擊高野山，幸木其高僧勸阻而罷，秀吉還皈依木其。如此使高野山諸堂得以復興。
4.高僧輩出的江戶時期
德川家康建立幕府後。新義真言宗玄宥（けんゆう）（1529~1605）建立的「智積院（ちしゃくいん）」受到德川家康的保護，「智山派」以此為本山而逐漸繁榮。另一方面，專譽（せんよ）（1530~1604）建「長谷寺（はせでら）」，故來就是有名之靈場，此處為「豐山派」之本山，第五代將軍德川綱吉歸依於此。豐山派此期極為鼎盛，有學問之寺之譽稱。長谷寺之淨泉亮汰拔擢為僧正。
此外，慈雲（じうん）法師(1718~1804)倡導戒律，開真言律宗。
5.明治以降之再發展
明治維新時期，各派真言宗皆受影響，神道國教化與「神佛分離令」，廢佛毀釋，全國大規模的排斥佛教與政府強制併整管理令真言宗受到極大的打擊。戰後，「宗教法」訂定與修正，政府不再強制管轄，如此真言宗得以再次發展。基本來說，戰前真言宗約有十派，戰後約十八派。此外，近代亦有多個教派獨立出來，但信眾人數較少，各約在數十萬人之間。
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